Gewässer und Auen wurden durch menschliche Aktivitäten verändert und sind heute funktional stark eingeschränkt. Die umfassenden Veränderungen hängen auch damit zusammen, dass Auen historisch Ausgangspunkte der Siedlungs- und Wirtschaftsentwicklung waren und so früh in den Fokus für wasserbauliche Maßnahmen gerückt sind (Brunotte et al. 2009). Durch die vielen Interessen und Raumansprüche bestehen häufig Nutzungskonflikte und die Auen werden oft intensiv genutzt (Abbildung 3).
Neben bereits erwähnten menschliche Eingriffen wie Deichbau und Stauregulierungen schränkt der Gewässerausbau mit flächenhaftem Uferverbau, einer monotonen Linienführung, Wasserausleitungen und weiteren Abflussregulierungen die Morphodynamik der Gewässer stark ein und hemmt die natürliche Dynamik des Fluss-Aue-Systems. Die Konnektivität im Längsverlauf des Flusses als auch zwischen Fluss und Aue ist dadurch stark beeinträchtigt (Abbildung 4). Dadurch verlieren typische Auenhabitate ihre charakteristischen Standortbedingungen und die Artausstattung verändert sich hin zur zonalen Ausprägung, d. h. zu außerhalb der Auen vorkommenden Artengemeinschaften. Mehr als 75 % aller Gewässer- und Auenbiotoptypen in Deutschland sind gefährdet, was zu einer dramatischen Reduzierung der Biodiversität führt (Ellwanger et al. 2012). Davon sind beispielsweise großflächig die Hartholzauwälder betroffen, von denen heute nur noch weniger als 1 % der ursprünglichen Ausdehnung vorhanden ist (Brunotte et al. 2009).
Große Anteile der Auenflächen werden landwirtschaftlich genutzt. Dies kann zu stofflichen Belastungen der Gewässer und Aueböden durch Schad- und Nährstoffe aus Düngemittel und Pestiziden führen.
Insgesamt werden von den verbliebenen rezenten Auen in Deutschland nur noch 10 % als naturnah mit geringen Veränderungen bewertet; ein Drittel der Flächen werden intensiv als Acker-, Siedlungs-, Verkehrs- und Gewerbeflächen genutzt. In den Altauen wird etwa die Hälfte der Flächen ackerbaulich genutzt (Brunotte et al. 2009).